Líf- og umhverfisvísindastofnun

Rannsóknarverkefni Líffræðistofu

Viðfangsefni sérfræðinga líffræðistofu eru margvísleg. Hér eru dæmi um nokkur verkefni sem unnið er að, eða hafa verið unnin við Líffræðistofu.


 

Stjórnun yfirborðsvarna

 
Umsjónarmaður: Guðmundur H. Guðmundsson
 
Lýsing: Náttúrulega ónæmiskerfið er fyrsta virka varnarkerfi líkamans. Þessar varnir byggja meðal annars á bakteríudrepandi peptíðum sem eru símynduð eða örvuð í þekjufrumum á öllu yfirborði. Verkefnið snúst um nákvæma greiningu á stjórnun CAMP gensins sem kóðar fyrir bakteríudrepandi peptíðið LL-37 og samverkan þess við önnur prótín/peptíð í þessum yfirborðsvörnum. Einnig verður rannsakað hvort mögulegt sé að nota efni sem örva myndun peptíðanna til að efla varnir gegn sérstökum sýkingum í tilraunadýrum.
 
Að verkefninu vinna tveir framhaldsnemar, Jónas Steinmann MS og María Bjarnadóttir Ph. D. Helstu samstarfaðilar: eru Eiríkur Steingrímsson við Læknadeild Háskóla Íslands, Birgitta Agerberth MBB við Karolinska Institutet í Stokkhólmi og Rubhana Raquid, við ICDDR B Dhaka, Bangladesh. Verkefnið er styrkt af RANNÍS Markáætlun 2008-2010 og Rannsóknarsjóði Háskóla Íslands.
 

 

Erfðamengi fléttnanna Peltigera malacea og Peltigera membranacea

 
Umsjónarmenn: Ólafur S. Andrésson / Zophonías O. Jónsson
 

Lýsing: Fléttur eru einhverjar útbreiddust og mest áberandi lífverurnar á þurrlendi en samt sem áður hefur enn ekki verið raðgreint erfðamengi úr fléttu. Ástæður þess kann að vera sú að þær eru samlíf þráðsvepps og ljóstillífandi lífveru, þ.e. grænþörungi, blágrænbakteríu eða hvoru tveggja, og næsta óræktanlegar á tilraunastofu. Við hyggjumst nýta öfluga nýja tækni til að raðgreina hin samsettu erfðamengi ofangreindra flétta og bera erfðamengi þeirra saman við þekkt erfðamengi, einkum með þróun og samlífi í huga. Helstu samstarfsaðilar eru Vivian Miao við Háskólann í Bresku Kólumbíu og Matís-Prókaria.  Verkefnið er kostað af Öndvegisstyrk Rannsóknasjóðs Íslands. Auk kennara og sérfræðinga vinnur einn doktorsnemi að verkefninu.



Erfðir og þroskun fjölbreytileika höfuðbeina í íslenskum bleikjuafbrigðum

Umsjónarmenn: Sigurður S. Snorrason/Zophonías O. Jónsson/Arnar Pálsson

Lýsing: Áberandi er að í íslenskum vötnum hafa ólíkir bleikjustofnar þróast hratt frá lokum síðustu ísaldar. Það sem forvitnilegra er að þróunin virðist vera svipuð í mismunandi vötnum, t.d. myndast dvergar í mörgum ferskvatnslindum. Í því verkefni er þessi náttúrulegi breytileiki í íslenskum bleikjustofnum notaður til samanburðarrannsókna, sem lýsa má sem nokkurskonar náttúrulegri tilraun í samhliða þróun (parallel evolution). Við skoðum sérstaklega þróun þroskaferla, t.d. spurningum um þroskun beina, brjósks og og vöðva í höfði og mikilvægi þessara þroskaferla fyrir afbrigðamyndun. Við erum að lýsa þroskun höfuðbeina, brjósks og vöðva í bleikju, og bera saman þroskun þessara vefja meðal nokkurra ólíkra bleikjuafbrigða. Við höfum kannað tjáningu erfðamengisins (mRNA og miRNA) í þroskun höfuðsins og kjálka í tveimur bleikjuafbrigðum, með háhraðaraðgreiningum. Við erum að staðfesta þær niðurstöður með qPCR aðferðum. Við notum einnig stofnerfðafræðilegar aðferðir til að skima fyrir merkjum um jákvætt val í umritunarmenginu ((transcriptome). Verkefninu er ætlað að kanna tengsl milli náttúrulegs breytileika í beinum og vöðvum og mismun í tjáningu gena milli afbrigða í gegnum þroskaferilinn.

Verkefnið er kostað af Öndvegisstyrk Rannsóknasjóðs Íslands. Auk kennara og sérfræðinga vinna þrír doktorsnemar að verkefninu. Samstarfsaðillar eru Bjarni Kr. Kristjánsson við Háskólann á Hólum og Ian. A. Johnston við St Andrews University.


 

DNA viðgerðargen í skordýrum

 
Umsjónarmaður: Arnar Pálsson
 
Lýsing: Verkefnið fjallar um tengsl DNA viðgerðar og sómatískra stökkbreytinga. Vitað er að sum mikilvæg DNA viðgerðargen vantar í ávaxtaflugur og fyrirhugað verður að athuga útbreiðslu þessara gena í erfðamengjum skordýra og annara hryggleysingja. Megin tilgátan er að umritun auki tíðni sómatískra stökkbreytinga í fjölfrumungum. Að verkefninu vinnur einn meistaranemi og leitað er að doktorsnema. Verkefnið er styrkt af doktorsjóð Háskóla Íslands og Marie Curie styrk.
Helstu samstarfsaðillar eru Jean-Claude Walser við Heilbrigðistofnun Bandaríkjanna (NIH), Marcos Antezana við Háskólann í Lisabon og Bing Chen við Peking Háskóla.
 

 

Kortlagning líffræðilegs fjölbreytileika þorsks við Ísland

UmsjónarmaðurGuðrún Marteinsdóttir

Lýsing: Leitast verður við að auka skilning á þáttum sem hafa áhrif á afrakstur þorsks við Ísland. Greina þarf stofngerð, undirstofna og lífssöguhópa þorsks og meta framlag þeirra til heildarstofnsins bæði hvað varðar nýliðun og hlutfall í veiðum. Að verkefninu vinna doktorsmeninn Heidi Pardoe og meistaraneminn Lisa Anne Anbungan (MS) auk nýdoktoranna Tim Grabowski og Bruce McAdams.
Helstu samstarfsaðilar eru Útvegsbændur í Vestmannaeyjum; Stjörnu Oddi; Vilhjálmur Þorsteinsson, Björn Gunnarsson og Agnar Steinarsson, Hafrannsóknarstofnun Íslands og aðillar við Clemson University, USA. Verkefnið er styrkt af Verkefnasjóði Sjávarútvegsráðherra, Sjávarútvegsráðuneytinu og Útvegsbændum í Vestmannaeyjum.
 

Aukin arðsemi humarveiða

 
UmsjónarmaðurGuðrún Marteinsdóttir
 
Lýsing: Markmiðið er að stuðla að aukinni arðsemi humarveiða með því að skoða þá þætti sem hafa áhrif á nýtingu og gæði humars úr sjó. Sérstaklega eru rannsökuð áhrif veiðafæra, strauma og sjávarróts á botngerð og búsvæði á humarslóð á gæði humars.
Rannsóknarneminn Heather Philp vinnur að verkefninu sem er í samstarfi við Vinnslustöðina, Humarhópinn (helstu aðilar í humarvinnslu og rannsóknum), Professor Neal, University of Glasgow og Dr. Sheehy, University of Leicester. Verkefnið styrkir AVS.
 

 

Erfðabreytileiki arktískra þorskfiska

 
UmsjónarmaðurSnæbjörn Pálsson
 
Lýsing: Markmiðið er að kanna stofngerð og erfðabreytileiki þriggja arktískra þorskfiska: Ískóðs, ísþorsks og grænlandsþorsks með athugun á mtDNA.
Að verkefninu vann Thomas Paulsen meistaranemi við Uppsalaháskóla og Jonas Paulsen erasmusnemi. Verkefnið var styrkt af rannsóknarstöðustyrk Rannís til Snæbjarnar Pálssonar og öndvegisstyrk (DNAfiskur) til Einars Árnasonar, (Snæbjörn Pálsson meðumsækjandi). Hinn aðal samstarfsaðillinn er Svein-Erik Fevolden Tromsö Háskóla, Noregi.
 

Upprunalandafræði (phylogeography) og stofngerð lífvera

 
UmsjónarmaðurSnæbjörn Pálsson
 
Lýsing: Rannsókn á stofngerð og flokkunarfræði íslenskra grunnvatnsmarflóa hófst í ágúst 2007. Markmiðið er að kanna uppruna og þróun tveggja tegunda grunnvatnsmarflóa á Íslandi sem fyrst voru skilgreindar af Jörundi Svavarssyni við Háskóla Íslands og Bjarna K. Kristjánssyni við Háskólann á Hólum.
Að verkefninu vinnur Etienne Kornobis doktorsnemi, sem er styrktur af rannsóknarsjóði HÍ. Verkefnið er einnig styrkt af Rannsóknasjóði Rannís. Auk ofangreindra eru helstu samstarfsaðilar John R Holsinger í USA og Dmitri Sidorov, Rússlandi. 

 

Ummerki náttúrulegs vals í erfðamengi mannsins

 
UmsjónarmaðurSnæbjörn Pálsson
 
Lýsing: Markmið verkefnisins  var að leita ummerkjum um jákvætt náttúrulegs vals  í erfðamengi mannsins. Rannsóknin byggði á gögnum sem Íslensk erfðagreining og HAPMAP verkefnið hafa safnað. Verkefnið var unnið í samstarfi við Agnar Helgason hjá Íslenskri Erfðagreiningu. )
 

 

Stýrilraðir og breytileiki í genastjórnun

 
UmsjónarmaðurArnar Pálsson
 
Lýsing: Stýrilraðir eru nauðsynlegar til að kveikja og slökkva á tjáningu gena. Við skoðum breytileika í stýrilröðum þroskunargena ávaxtaflugunnar með það að markmiði að i) skilgreina varðveitta hluta stýrilraðanna, ii) að finna náttúrulegar stökkbreytingar sem gætu haft áhrif á genatjáningu iii) prófa tilgátur um tilurð nýrra tengsla milli gena og stjórnprótína. Þessar tilgátur verða einnig metnar með rannsókn á mynstri metýleringar í erfðamengjum rhesus apa og mannsins.
Verkefnið er styrkt af Rannsóknarsjóði Háskólans, Rannís og Marie Curie. Að verkefninu vinnur Sigrún Reynisdóttir, sérfræðingur. Samstarfsaðilar eru Marty Kreitman og Misha Ludwig við Chicago Háskóla, Casey Bergman við Háskólann í Manchester, Marcos Antezana við Háskólann í Lissabon, Amos Tanay við Weizman stofnunina í Ísrael og Shoukhrat Mitalipov við Heilsu- og vísindaháskólann í Oregon.
 

 

Lífríki Mývatns og Laxár (samstarfsverkefni með Náttúrurannsóknastöðinni við Mývatn)

UmsjónarmaðurÁrni Einarsson

Lýsing: Náttúrurannsóknastöðin við Mývatn (RAMÝ) er vísindastofnun á vegum Umhverfisráðuneytisins, byggð á lögum um verndun Mývatns og Laxár. Hún fæst við rannsóknir á náttúru og sögu Mývatns og Laxár og vatnasviðs þeirra með það höfuðmarkmið að skilja náttúrufarsbreytingar og sjá þær fyrir og stuðla þannig að verndun svæðisins.
 
Yfir 30 ár eru síðan RAMÝ hóf starfsemi sína. Háskóli Íslands hefur lengi tekið mikinn þátt í starfsemi stöðvarinnar og samvinna þessara tveggja stofnana hefur getið af sér mikinn fjölda vísindaritgerða og mjög verðmætt gagnasafn um langtímabreytingar á vistkerfi Mývatns og Laxár.  Áhugi vísindasamfélagsins á Mývatni hefur stóraukist við þetta og einnig skilningur ráðamanna á ágæti svona starfsemi til að tryggja skynsamlegar ákvarðanir í umhverfismálum á þessu fagra, umdeilda og viðkvæma svæði.
 

Helstu vöktunarverkefni á vegum RAMÝ

  • Vöktun fuglalífs - Varpstofnar vatnafugla, Mývatn og Laxá sem fellistöð vatnafugla. Framleiðsla vatnafugla.
  • Vöktun fiskstofna í Mývatni - Ástand silungsstofna í Mývatni og Laxá. Ástand hornsílastofnsins í Mývatni.
  • Vöktun átustofna í Mývatni og Laxá - Ástand mýflugustofna Mývatns og Laxár. Ástand krabbadýrastofna. 
  • Önnur vöktun - Plöntusvif, efnasamsetning lindarvatns, vatnshiti, botngróður í Mývatni.

Önnur rannsóknaverkefni á vegum RAMÝ

  • Lífsaga Mývatns. Innra samspil og ytri kraftar
  • Forngarðar í Þingeyjarsýslum
  • Eyðingarsaga birkiskóga í Suður-Þingeyjarsýslu
  • Breytingar á andastofnum
  • Sveiflur í fæðukeðjum Mývatns 
  • Nýtingarsaga Mývatns

Bakteríudrepandi varnakerfi í fiskum

 
Lýsing: Í þessu verkefni fundum við 7 ný cathelicidin peptíð í fiskum, meðal annars í bleikju og þorsk. Þessi peptíð eru af nýrri gerð fyrir örverudrepandi peptíða efnafræðilega og aðalega mynduð af endurteknum röðum amínósýranna: arginine, serine og glycine. Peptíðin eru mjög basísk (jákvætt hlaðin) og tjáning þeirra í fiskum eykst við bakteríusýkingar sem bendir til þess að örverudrepandi virkni þeirra sé hluti af fyrstu vörnum fiska of náttúrulegu ónæmiskerfi (e. innate immunity) þeirra.
 

Heilbrigður þorskur – Greining á náttúrulegum varnarefnum í þorski

 
Lýsing: Í þessu verkefni skoðuðum við tjáning cathelicidin í lirfum þorsks. Niðurstöður okkar gefa til kynna að náttúrulega ónæmiskerfi þorsksins er virkt snemma í þroskun fisksins og svara örvun með aukinni tjáningu á bakteríudrepandi peptíðum.
 

Tjáning á örverudrepandi varnarpeptiðum í fiskum

 
Lýsing: Í þessu verkefni höfum við einangrað cathelicidin peptíð úr þorski og sýnt fram á að peptíðið er virk á móti Gram neikvæðum bakteríum og sveppum. Þetta var í fyrsta skipti sem virkt cathelicidin peptíð var einangrað úr fiskum. Til þess að skilja betur viðbrögð fiska við sýklum höfum við greint boðleiðir og viðbrögð þessare grunnvarna í frumulínu.  Við fundum að stjórn á cathelicidin tjáningu í laxa og þorsk frumum er mjög mismunandi í þessum þróunarfræðilega óskyldum tegundum.

 

Sjúkdómsvaldandi sjávarbakteríur í volgum sjó við strendur Íslands: Umfang og lifnaðarhættir

Umsjónarmaður: Eva Benediktsdóttir
 
Nokkrar tegundir meðalhitakærra sjávarbaktería hafa fundist hér við land þar sem jarðhitavatn blandast sjó, þ.á. m. tvær tegundir sem eru þekktir sjúkdómsvaldar. Verkefnið hefur þau markmið  að meta þörf fyrir vöktun sjúkdómsvaldandi sjávarörvera við jarðhita í flæðarmáli, vegna nýtingar sjávarafurða og eldis í sjó, að koma í veg fyrir vöxt þeirra í  nálægum fiskeldisstöðvum í framtíðinni og að meta áhrif hækkandi hitastigs sjávar á breytingar á tíðni sjúkdómsvaldandi örvera í sjó.
 

Nýjar tegundir sjávarbaktería við strendur Íslands

Umsjónarmaður: Eva Benediktsdóttir
 
Við rannsókn á bakteríum af ættkvíslum Vibrio og Aliivibrio við Ísland hefur komið í ljós að mikið af þeim tegundum sem greinst hafa tilheyra áður óþekktum tegundum. Verkefnið hefur það markmið að lýsa nýjum tegundum þessara ættkvísla sem fundist hafa hér.
 

 
 
Þú ert að nota: brimir.rhi.hi.is