Líf- og umhverfisvísindastofnun

Doktorsnemi við Líf- og umhverfisvísindastofnun

Doktorsnemi við Líf- og umhverfisvísindastofnun Háskóla Íslands

Þróunarfræði og stofnerfðamengjahópur Einars Árnasonar við Líf- og umhverfisvísindastofnun Háskóla Íslands auglýsir eftir umsóknum um fulla stöðu doktorsnema. Rannsóknaverkefnið er um greiningu á náttúrlegu vali í erfðamengjum þorsks frá mismunandi tímum (tímaraðir). Þorskur er lífvera með afar háa frjósemi og er því hentug til rannsókna á vali. Unnið verður með raðgreiningargögn úr öllu erfðamengi fiskanna (whole-genome sequencing data).

Helstu verkefni og ábyrgð
Rannsóknir okkar fjalla um að skilja ferla þróunar í lífverum með háa frjósemi og eru þorskfiskar rannsóknarviðfang okkar. Við hlutum öndvegisstyrk Rannsóknasjóðs nýverið og ætlum við að búa til einstök gögn með raðgreiningum heilla erfðamengja margra einstaklinga úr ýmsum stofnum þorskfiska. Slík gögn lofa góðu til að auka skilning okkar á gangvirkjum náttúrlegs vals, tegundamyndunar og aðlögunar í villtum stofnum. 

Tímaraðagreining á raðgreindum erfðamengjum, það er tölfræðileg greining á heilum erfðamengjum úr einstaklingum sem safnað hefur verið á mismunandi tímum, er öflug leið til að skilja þróunarsögu lífvera og einkum til að greina og meta náttúrlegt val. Doktorsverkefnið fjallar um þennan afmarkaða þátt öndvegisverkefnisins.

Öndvegisverkefnið er samstarfsverkefni Einars Árnasonar og Katrínar Halldórsdóttur við Líf- og umhverfisvísindastofnun Háskóla Íslands, Alison Etheridge við tölfræðideild Oxford háskóla og Wolfgang Stephan og Bjarka Eldon við Leibniz stofnunina í þróunarfræði og fjölbreytileika í Berlín. Meðal samstarfsaðila eru Montgomery Slatkin og Rasmus Nielsen við Berkeley háskólann í Kaliforníu, Fernando Racimo við miðstöð GeoGenetics við háskólann í Kaupmannahöfn og Tim Sackton í lífupplýsingafræði við Harvard háskóla.

Doktorsverkefnið verður unnið við Líf- og umhverfisvísindadeild HÍ undir leiðsögn Katrínar Halldórsdóttur, Einars Árnasonar og Bjarka Eldon í Berlín. Verkefnið er þverfræðilegt og sameinar nýjustu tækni í sameindaerfðafræði og greiningar í tölfræði og lífupplýsingafræði. Við leggjum áherslu á gott samstarf og samvinnu milli allra þátttakenda. Stöðunni fylgir því möguleiki á að heimsækja og dvelja um hríð í rannsóknahópum samstarfsaðila í Berlín, Berkeley, Kaupmannahöfn, Oxford og Cambridge (MA).

Við leitum að áhugasömum einstaklingi með sterkan áhuga á þróunar- og stofnerfðamengjafræði. Háskóli Íslands gerir ráð fyrir að doktorsnemar ljúki námi sínu og verji ritgerð á þremur árum að loknu meistaraprófi í samræmi við Bologna ferlið.

Hæfnikröfur
>> M.Sc. gráða (eða jafngildi) í líffræði; góður skilningur á tölfræði og/eða tölvuvinnslu æskilegur.
eða
>> M.Sc. gráða (eða jafngildi) í tölfræði, stærðfræði eða tölvunarfræði; grunnur/þekking í líffræði æskileg.
>> Reynsla af gagnagreiningum
>> Hæfileiki til að vinna sjálfstætt og í teymi
>> Enskukunnátta í skrifuðu og töluðu máli

Viðbótar æskileg hæfni
>> Reynsla í greiningu erfðamengjagagna er kostur
>> Mikill áhugi á þróunarfræði og erfðamengjafræði
>> Þekking á UNIX/Linux vinnu er kostur

Frekari upplýsingar um starfið
Laun samkvæmt gildandi kjarasamningi sem fjármála- og efnahagsráðherra og Félag háskólakennara hafa gert.
Starfið gæti hafist í janúar 2019, eða eftir nánar samkomulagi. Verkefnið er styrkt til þriggja ára. 
 
Umsókninni skal fylgja i) 1-2 blaðsíðna bréf sem lýsir áhuga þínum á verkefninu, væntingum þínum um doktorsnám og lýsingu á því að hvaða leiti þú ert hæf(ur) til að takast á við verkefnið. Til viðbótar skal fylgja; ii) ferilskrá með lista yfir birtar greinar (ef einhverjar eru), iii) afrit af B.Sc. og M.Sc. prófskírteinum með lista yfir námskeið tekin í framhaldsnámi, iv) nöfn og tölvupóstföng tveggja umsagnaraðila sem geta gefið umsögn um umsækjanda.

Öllum umsóknum verður svarað og umsækjendum tilkynnt um ráðstöfun starfsins þegar ákvörðun hefur verið tekin. Umsóknir geta gilt í allt að sex mánuði frá lokum umsóknarfrests.

Tilvísanir í ritverk úr fyrri verkefnum og tengdum rannsóknum:

1. Alba Refoyo-Martínez, Rute R. da Fonseca, Katrín Halldórsdóttir, Einar Árnason, Thomas Mailund, Fernando Racimo 2018. Identifying loci under positive selection in complex population. bioRxiv 453092. doi: 10.1101/453092

2. Einar Árnason and Katrín Halldórsdóttir. 2015. Nucleotide variation and balancing selection at the Ckma gene in Atlantic cod: analysis with multiple merger coalescent models. PeerJ e786. doi:10.7717/peerj.786

3. Katrín Halldórsdóttir, Einar Árnason 2015. Whole-genome sequencing uncovers cryptic and hybrid species among Atlantic and Pacific cod-fish. BioRxiv 034926. doi: 10.1101/034926

4. Bjarki Eldon and John Wakeley 2006. Coalescent processes when the distribution of offspring number among individuals is highly skewed. Genetics 172:2621-2633. doi:10.1534/genetics.105.052175

5. Bjarki Eldon, Matthias Birkner, Jochen Blath and Fabian Freund 2015. Can the site-frequency spectrum distinguish exponential population growth from multiple-merger coalescents? Genetics 199: 841-856. doi:10.1534/genetics.114.173807

6. Fernando Racimo 2015. Testing for ancient selection using cross-population allele frequency differentiation. Genetics 202:733-750.

7. Joshua G. Schraiber and Steven N. Evans and Montgomery Slatkin 2016. Bayesian inference of natural selection from allele frequency time series. Genetics 203: 493-511. doi:10.1534/genetics.116.187278

Við ráðningu í störf í Háskóla Íslands er tekið mið af jafnréttisáætlun Háskóla Íslands

Vakin er athygli á málstefnu Háskóla Íslands.

Starfshlutfall er 100%
Umsóknarfrestur er til og með 10.12.2018

Nánari upplýsingar veitir
Einar Árnason - einararn@hi.is - 525 4613

HÍ Líf- og umhverfisvísindastofnun
Sturlugata 7
101 Reykjavík


Smelltu hér til að sækja um starfið

Þú ert að nota: brimir.rhi.hi.is